آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار LAMMPS (لمپس)
آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار LAMMPS (لمپس)
چکیده
این نرم افزار یک نرم افزار متن باز (Open source) است که دارای قابلیت اجرای موازی را دارد و از آن می توان برای مدل سازی اتمی، پلیمری، بیولوژیکی، فلزی، گرانول، و سیستم های دانه درشت استفاده کرد، همچنین دارای انواع پتانسیل های برهمکنش ذرات است. این فرادرس شامل شبیه سازی دینامیک مولکولی و کار با بسته نرم افزاری لمپس است و در این فرادرس با نحوه نصب لمپس روی ویندوز و لینوکس، دستورات لمپس و نحوه اجرای کدها آشنا خواهید شد، همچنین نرم افزارهای جانبی مانند: متریال استودیو (Materials Studio)، پک مول و وی ام دی (VMD) که در کار با لمپس به ما کمک می کند نیز آموزش داده خواهد شد.
چکیده آموزش
توضیحات تکمیلی
استفاده از شبیه سازی رایانه ای در کنار پژوهش های تجربی به دلیل محدودیت های آزمایشگاهی در مقیاس نانو کمک قابل توجهی به فهم پدیده های فیزیکی می کند. یکی از کارآمدترین روش های شبیه سازی رایانه ای برای مطالعه ساختار، عملکرد و خواص مواد و یا حتی طراحی ساختار جدید با ویژگی های مورد نظر در مقیاس مولکولی، استفاده از دینامیک مولکولی است.
پکیج (Package) های نرم افزاری مختلفی برای انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی وجود دارد که از جمله آن ها می توان به: LAMMPS, Materials Studio, GROMACS و Amber اشاره کرد. لمپس (LAMMPS) یک بسته نرم افزاری دینامیک مولکولی است که برای شبیه سازی سیستم هایی با فاز مایع، جامد و گاز به کار می رود.
این نرم افزار یک نرم افزار متن باز (Open source) است که دارای قابلیت اجرای موازی را دارد و از آن می توان برای مدل سازی اتمی، پلیمری، بیولوژیکی، فلزی، گرانول، و سیستم های دانه درشت استفاده کرد، همچنین دارای انواع پتانسیل های برهمکنش ذرات است. این فرادرس شامل شبیه سازی دینامیک مولکولی و کار با بسته نرم افزاری لمپس است و در این فرادرس با نحوه نصب لمپس روی ویندوز و لینوکس، دستورات لمپس و نحوه اجرای کدها آشنا خواهید شد، همچنین نرم افزارهای جانبی مانند: متریال استودیو (Materials Studio)، پک مول و وی ام دی (VMD) که در کار با لمپس به ما کمک می کند نیز آموزش داده خواهد شد.
فهرست سرفصل ها و رئوس مطالب مطرح شده در این مجموعه آموزشی، در ادامه آمده است:
- درس یکم: شبیه سازی دینامیک مولکولی
- مقدمه
- روش های شبیه سازی مقیاس مولکولی
- پیکربندی و سرعت های اولیه
- برهم کنش های بین مولکولی
- شرایط اولیه
- انتگرال گیری زمانی
- ترموستات (Thermostat) و باروستات (Barostat)
- تعادل سیستم
- محاسبه کمیت های ترمودینامیکی
- درس دوم: بسته نرم افزاری لمپس (LAMMPS)
- معرفی لمپس (توانمندی ها و محدودیت ها)
- نصب لمپس روی اوبونتو (Ubuntu)
- نصب lammps - daily
- به روزرسانی اوبونتو
- به روزرسانی لمپس
- ویژگی لمپس نصب شده
- نصب لمپس به روش دوم
- ویژگی لمپس نصب شده
- روش الحاق کردن پکیج خارجی در لمپس
- آشنایی با محیط پکیج (Package)
- اجرای یک مثال
- نصب lammps - daily
- نصب لمپس روی ویندوز
- درس سوم: ساختار کد ورودی لمپس
- مرحله آغازین و قالب بندی
- پیکربندی اولیه
- تنظیمات و پیکربندی
- اجرای شبیه سازی
- درس چهارم: دستورات لمپس (پیکربندی اولیه)
- ساختارهای کریستالی تک اتمی
- ساختارهای کریستالی مختلف
- ایجاد ساختارهای کریستالی در لمپس با استفاده از بردارهای پایه
- ایجاد نانو لوله های کربنی و گرافن با VMD
- ایجاد نقص در ساختار
- ایجاد جانشینی در ساختار
- ایجاد دو ساختار متفاوت در کنار یکدیگر
- ایجاد کامپوزیت
- ساختارهای کریستالی تک اتمی
مفید برای رشته های
- مهندسی مکانیک
آنچه در این آموزش خواهید دید:
نرم افزارهای مرتبط با آموزش
پیش نیاز
پیش نمایش‌ها
۱.
شبیه سازی دینامیک مولکولی
توجه: اگر به خاطر سرعت اینترنت، کیفیت نمایش پایین‌تر از کیفیت HD ویدئو اصلی باشد؛ می‌توانید ویدئو را دانلود و مشاهده کنید (دانلود پیش‌نمایش - حجم: ۸ مگابایت -- (کلیک کنید +))
۲.
بسته نرم افزاری لمپس (LAMMPS)
توجه: اگر به خاطر سرعت اینترنت، کیفیت نمایش پایین‌تر از کیفیت HD ویدئو اصلی باشد؛ می‌توانید ویدئو را دانلود و مشاهده کنید (دانلود پیش‌نمایش - حجم: ۵۶ مگابایت -- (کلیک کنید +))
۳.
ساختار کد ورودی لمپس
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
۴.
دستورهای لمپس
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.راهنمای سفارش آموزش‌ها
در مورد این آموزش یا نحوه تهیه آن سوالی دارید؟
- با شماره تلفن واحد مخاطبین ۵۷۹۱۶۰۰۰ (پیش شماره ۰۲۱) تماس بگیرید. - تمام ساعات اداری
- با ما مکاتبه ایمیلی داشته باشید (این لینک). - میانگین زمان پاسخ دهی: ۳۰ دقیقه
اطلاعات تکمیلی
| نام آموزش | آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار LAMMPS (لمپس) |
|---|---|
| ناشر | فرادرس |
| شناسه اثر | ۸–۱۲۴۵۲–۰۷۳۰۳۲ (ثبت شده در مرکز رسانه‌های دیجیتال وزارت ارشاد) |
| کد آموزش | FVTIPHY9707 |
| مدت زمان | ۴ ساعت و ۵۹ دقیقه |
| زبان | فارسی |
| نوع آموزش | آموزش ویدیویی (لینک دانلود) |
| حجم دانلود | ۶۸۶ مگابایت (کیفیت ویدئو HD با فشرده سازی انحصاری فرادرس) |
نظرات
میلاد
به نظرم مثال ها باید خیلی دامنه اش وسیع تر بشه. یعنی تو حوزه سیالات، مکانیک مواد و جامدات و.. مثال حل شه؛ نه فقط چون مدرس در یه حیطه خاص اینو بلده بیاد و مثال های همون حوزه رو حل کنه.
یاسین
من رشته ام مکانیکه و هر چی که به رشته ام مربوط بود رو تهیه کردم که کاملا هم راضی بودم.
سما
با سلام
اين آموزش رو به تمام دوستان علاقه مند به شبيه سازي ديناميك مولكولي توصيه ميكنم.
آموزش كاربردي تهيه شده و واقعا اگر كسي ميخواهد MD رو تازه شروع كنه در كنار مباحث تئوري از اين آموزش ميتواند به نحو احسن بهره ببره.
محمدرضا
برای من محتویات خیلی مهم بود که چیزایی که لازم داشتم داخلش بود و راضی بودم.