آموزش آشنایی با نرم افزار Cytoscape برای ترسیم و آنالیز انواع شبکه

نرم افزار سایتواسکیپ (Cytoscape) یک ابزار متن باز و رایگان برای ترسیم و آنالیز شبکه ها است. این نرم افزار محبوبیت زیادی دارد و مقاله های زیادی به آن استناد کرده اند. علاوه بر امکانات موجود در این نرم افزار، افزونه های (Plugins) زیادی هم برای آن موجود است.

برای بررسی شبکه، داده ها باید به صورت گراف مدل شوند. گراف مجموعه ای از راس ها و یال ها است که گره ها واحدهای تشکیل دهنده شبکه و یال ها ارتباطات بین این واحدها را مشخص می کنند. برای تعیین اهمیت راس ها از معیارهای مرکزیت استفاده می شود.

بیشترین کاربرد سایتواسکیپ در حوزه بیوانفورماتیک و تحلیل شبکه های اجتماعی است. از شبکه های معروف در حوزه بیوانفورماتیک می توان به: شبکه های تعامل پروتئین – پروتئین (PPI)، شبکه بیان ژن، شبکه متابولیکی و شبکه فیلوژنی اشاره کرد.

فهرست سرفصل ها و رئوس مطالب مطرح شده در این مجموعه آموزشی، در ادامه آمده است:

• درس یکم: دانلود و نصب نرم افزار، ایجاد شبکه
  • دانلود و نصب سایتواسکیپ
  • ایجاد شبکه از طریق فایل های CSV
  • ایجاد شبکه از طریق فایل های txt
  • ایجاد شبکه در محیط سایتواسکیپ
• درس دوم: جستجو، منوی View و Select
  • جستجو در شبکه بر اساس نام گره
  • جستجو به کمک * , ?
  • معرفی منوی View و Select
  • انتخاب مجموعه ای از گره ها و یال ها به روش های مختلف
• درس سوم: ایجاد Style
  • ایجاد Style جدید برای گره ها
  • ایجاد Style جدید برای یال ها
• درس چهارم: ایجاد فیلتر، منوی Layout و Apps
  • انتخاب به کمک ایجاد فیلترها
  • ایجاد زنجیره ای از فیلترها
  • تعیین گره های متصل شده با یال های انتخابی
  • ایجاد Annotation
  • معرفی منوی Layout
  • معرفی منوی Apps

مفید برای رشته های

• مهندسی کامپیوتر - نرم افزار
• بیوانفورماتیک
• زیست شناسی