آموزش آشنایی با نرم افزار Cytoscape برای ترسیم و آنالیز انواع شبکه
آموزش آشنایی با نرم افزار Cytoscape برای ترسیم و آنالیز انواع شبکه
چکیده
نرم افزار سایتواسکیپ (Cytoscape) یک ابزار متن باز و رایگان برای ترسیم و آنالیز شبکه ها است. این نرم افزار محبوبیت زیادی دارد و مقاله های زیادی به آن استناد کرده اند. علاوه بر امکانات موجود در این نرم افزار، افزونه های (Plugins) زیادی هم برای آن موجود است. بیشترین کاربرد سایتواسکیپ در حوزه بیوانفورماتیک و تحلیل شبکه های اجتماعی است. از شبکه های معروف در حوزه بیوانفورماتیک می توان به: شبکه های تعامل پروتئین – پروتئین (PPI)، شبکه بیان ژن، شبکه متابولیکی و شبکه فیلوژنی اشاره کرد.
مهندس فرشید شیرافکن دارای مدرک کارشناسی ارشد مهندسی کامپیوتر گرایش نرم افزار بوده و در حال حاضر دانشجوی دکترای بیوانفورماتیک دانشگاه تهران هستند. ایشان از مدرسین نمونه در زمینه ارائه و آموزش دروس دانشگاهی انتخاب شده اند.
چکیده آموزش
توضیحات تکمیلی
نرم افزار سایتواسکیپ (Cytoscape) یک ابزار متن باز و رایگان برای ترسیم و آنالیز شبکه ها است. این نرم افزار محبوبیت زیادی دارد و مقاله های زیادی به آن استناد کرده اند. علاوه بر امکانات موجود در این نرم افزار، افزونه های (Plugins) زیادی هم برای آن موجود است.
برای بررسی شبکه، داده ها باید به صورت گراف مدل شوند. گراف مجموعه ای از راس ها و یال ها است که گره ها واحدهای تشکیل دهنده شبکه و یال ها ارتباطات بین این واحدها را مشخص می کنند. برای تعیین اهمیت راس ها از معیارهای مرکزیت استفاده می شود.
بیشترین کاربرد سایتواسکیپ در حوزه بیوانفورماتیک و تحلیل شبکه های اجتماعی است. از شبکه های معروف در حوزه بیوانفورماتیک می توان به: شبکه های تعامل پروتئین – پروتئین (PPI)، شبکه بیان ژن، شبکه متابولیکی و شبکه فیلوژنی اشاره کرد.
فهرست سرفصل ها و رئوس مطالب مطرح شده در این مجموعه آموزشی، در ادامه آمده است:
- درس یکم: دانلود و نصب نرم افزار، ایجاد شبکه
- دانلود و نصب سایتواسکیپ
- ایجاد شبکه از طریق فایل های CSV
- ایجاد شبکه از طریق فایل های txt
- ایجاد شبکه در محیط سایتواسکیپ
- درس دوم: جستجو، منوی View و Select
- جستجو در شبکه بر اساس نام گره
- جستجو به کمک * , ?
- معرفی منوی View و Select
- انتخاب مجموعه ای از گره ها و یال ها به روش های مختلف
- درس سوم: ایجاد Style
- ایجاد Style جدید برای گره ها
- ایجاد Style جدید برای یال ها
- درس چهارم: ایجاد فیلتر، منوی Layout و Apps
- انتخاب به کمک ایجاد فیلترها
- ایجاد زنجیره ای از فیلترها
- تعیین گره های متصل شده با یال های انتخابی
- ایجاد Annotation
- معرفی منوی Layout
- معرفی منوی Apps
مفید برای رشته های
- مهندسی کامپیوتر - نرم افزار
- بیوانفورماتیک
- زیست شناسی
نرم افزارهای مرتبط با آموزش
پیش نمایش‌ها
۱.
دانلود و نصب نرم افزار، ایجاد شبکه
توجه: اگر به خاطر سرعت اینترنت، کیفیت نمایش پایین‌تر از کیفیت HD ویدئو اصلی باشد؛ می‌توانید ویدئو را دانلود و مشاهده کنید (دانلود پیش‌نمایش - حجم: ۶ مگابایت -- (کلیک کنید +))
۲.
جستجو، منوی View و Select
توجه: اگر به خاطر سرعت اینترنت، کیفیت نمایش پایین‌تر از کیفیت HD ویدئو اصلی باشد؛ می‌توانید ویدئو را دانلود و مشاهده کنید (دانلود پیش‌نمایش - حجم: ۱۹ مگابایت -- (کلیک کنید +))
۳.
ایجاد Style
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
۴.
ایجاد فیلتر، منوی Layout و Apps
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.راهنمای سفارش آموزش‌ها
در مورد این آموزش یا نحوه تهیه آن سوالی دارید؟
- با شماره تلفن واحد مخاطبین ۵۷۹۱۶۰۰۰ (پیش شماره ۰۲۱) تماس بگیرید. - تمام ساعات اداری
- با ما مکاتبه ایمیلی داشته باشید (این لینک). - میانگین زمان پاسخ دهی: ۳۰ دقیقه
اطلاعات تکمیلی
| نام آموزش | آموزش آشنایی با نرم افزار Cytoscape برای ترسیم و آنالیز انواع شبکه |
|---|---|
| ناشر | فرادرس |
| شناسه اثر | ۸–۱۲۴۵۲–۰۷۵۲۴۶ (ثبت شده در مرکز رسانه‌های دیجیتال وزارت ارشاد) |
| کد آموزش | FVSFT128 |
| مدت زمان | ۵۸ دقیقه |
| زبان | فارسی |
| نوع آموزش | آموزش ویدیویی (لینک دانلود) |
| حجم دانلود | ۱۳۳ مگابایت (کیفیت ویدئو HD با فشرده سازی انحصاری فرادرس) |
نظرات
فرشید شیرافکن - مدرس
سلام- پیشنهاد مدرس آموزش:
مخاطبین عزیز این آموزش، آموزش گراف کاوی و تحلیل شبکه ها در پایتون با NetworkX را ببینید.