۱۳۵,۰۰۰ تومان

آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار گرومکس GROMACS

آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار گرومکس GROMACS

هزینه آموزش
۱۳۵,۰۰۰ تومان

تعداد دانشجو
۱,۲۸۹ نفر
مدت زمان
۴ ساعت و ۲۴ دقیقه
محتوای این آموزش
تضمین کیفیت
۱۱ بازخورد (مشاهده نظرات)

نرم‌افزار گرومکس (GROMACS) به دلیل رایگان بودن سورس نرم‌افزار، داشتن ابزارهای تجزیه و تحلیل نتایج و الگوریتم محاسبه‌ای موازی و سریع آن از استقبال خوبی بین کاربران و محققان، برخوردار شده است. در این فرادرس به آموزش شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار گرومکس، ساخت ورودی برای شبیه‌سازی و انجام آن، آشنایی با ابزار تجزیه و تحلیل نتایج، می‌پردازیم. با توجه به توسعه رشته‌های چند‌نظمی و قابلیت به کارگیری گرومکس در زمینه‌های مختلف اعم از: مسائل زیستی و غیر زیستی، مخاطبان این آموزش می‌توانند دانشجویان رشته‌های مختلف از جمله: شیمی، زیست، بیوشیمی، پزشکی، داروسازی و مهندسی باشند.

آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار گرومکس GROMACS

تعداد دانشجو
۱,۲۸۹ نفر
مدت زمان
۴ ساعت و ۲۴ دقیقه
هزینه آموزش
۱۳۵,۰۰۰ تومان
محتوای این آموزش
۱۱ بازخورد (مشاهده نظرات)

آزاده کردزاده

کارشناس ارشد مهندسی شیمی

 ایشان به حوزه‌های نانولوله‌های کربنی، عامل‌دار کردن آن‌ها و کاربرد آن‌ها در سیستم دارورسانی علاقه‌مند و به نرم‌افزارهای گرومکس، گوسین، محاسبات شیمی کوانتومی و دینامیک مولکولی تسلط کامل دارند، در زمینه مدل‌سازی ترمودینامیکی تشکیل هیدرات گازی نیز با نرم‌افزار متلب (MATLAB) تحقیقاتی را به انجام رسانده‌اند.

توضیحات تکمیلی

ترکیبات زیستی نظیر پروتئین‌ها، ماشین‌های حیات هستند، برای انجام اعمال زیستی بایستی این ترکیبات، حرکت انجام دهند، اعم از: حرکت‌های درونی یا جابه‌جایی، بنابراین اگر بخواهیم عملکرد مولکول‌های زیستی را درک کنیم باید ساختار و دینامیک آن‌ها را مطالعه کنیم. از طرفی، روش تجربی برای مطالعه دینامیک مولکول‌های زیستی در مقیاس‌های اتمی و مولکولی در دامنه‌های حرکتی کم در حد نانو‌ثانیه و پیکو‌ثانیه وجود ندارد. از این رو شبیه‌سازی دینامیک مولکولی ابزار مناسبی برای مطالعه این فرایندها به شمار می‌روند.

فارغ از این که ریاضیات حاکم بر این روش چیست، نرم‌افزارهای مختلفی برای انجام شبیه‌سازی دینامیک مولکولی توسعه‌یافته می‌توان به نرم‌افزار‌های GROMACS, Amber, NAMD اشاره کرد. نرم‌افزار گرومکس به دلیل رایگان بودن سورس نرم‌افزار، داشتن ابزارهای تجزیه و تحلیل نتایج و الگوریتم محاسبه‌ای موازی و سریع آن از استقبال خوبی بین کاربران و محققان برخوردار شده است.

در این فرادرس، به آموزش شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار گرومکس، ساخت ورودی برای شبیه‌‍سازی و انجام آن و آشنایی با ابزار تجزیه و تحلیل نتایج می‌پردازیم. با توجه به توسعه رشته‌های چند‌نظمی و قابلیت به کارگیری گرومکس در زمینه‌های مختلف اعم از مسائل زیستی و غیر زیستی، مخاطبین این آموزش می‌توانند دانشجویان رشته‌های مختلف از جمله: شیمی، زیست، بیوشیمی، پزشکی، داروسازی و مهندسی باشند.

در این آموزش، نحوه نصب نرم‌افزار GROMACS در لینوکس نیز بیان شده است و  بخشی از آموزش در محیط لینوکس است و بهتر است از قبل آشنایی نسبی با سیستم عامل لینوکس نیز داشته باشید.

فهرست سرفصل‌ها و رئوس مطالب مطرح شده در اين مجموعه آموزشی، در ادامه آمده است:
  • درس یکم: آشنایی با اصول شبیه‌‌سازی دینامیک مولکولی
    • انواع روش‌های شبیه‌سازی
    • الگوریتم دینامیک مولکولی
    • نرم‌فزارهای شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
  • درس دوم: آشنایی با نرم‌‌افزار گرومکس و روش نصب
    • آشنایی با محیط لینوکس (Linux)
    • نصب نرم‌افزار گرومکس (GROMACS)
  • درس سوم: شبیه‌سازی پروتئین لیزوزیم (Lysozyme) در آب
    • معرفی مراحل اصلی شبیه‌سازی
    • ساخت فایل ورودی مولکول‌ها
    • تعریف جعبه شبیه‌سازی
    • حداقل سازی انرژی
    • تنظیم دما و فشار
    • اجرای شبیه‌سازی
    • انجام آنالیز
  • درس چهارم: نرم‌‌افزار گوسین و محاسبات شیمی کوانتومی
    • ساخت توپولوژی گرومکس برای مولکول‌های غیر زیستی با استفاده از سرورهای اتوماتیک
    • معرفی نرم‌افزار گوسین (Gaussian) و انواع محاسبات
    • معرفی تئوری و Basis Set محاسبات در گوسین
    • محاسبه بار جزئی در گوسین و اصلاح توپولوژی گرومکس
    • آموزش ساخت توپولوژی با دستور X2TOP
  • درس پنجم: شبیه‌‌سازی و آنالیز سیستم‌های مختلف
    • شبیه‌سازی غشا دو‌لایه سلول
    • آنالیزهای غشا دولایه مانند: سطح به ازای لیپید، پارامتر نظم و ضریب نفوذ
    • شبیه‌سازی نانولوله‌های کربنی
    • آنالیز تابع توزیع شعاعی
    • آنالیز پیوندهای هیدروژنی
    • محاسبه برهم‌کنش‌های واندروالس (Van der Waals) و الکترواستاتیک
    • شبیه‌سازی در pH ثابت
  • درس ششم: آنالیز نمونه‌گیری چتری
    • اصول شبیه‌سازی هدایت‌شده
    • مراحل نمونه‌گیری چتری
    • محاسبه انرژی آزاد کپسوله‌شدن دارو داخل نانولوله کربنی

 

مفید برای
  • مهندسی شیمی

پیش نیاز


آنچه در این آموزش خواهید دید:

آموزش ویدئویی مورد تائید فرادرس
فایل برنامه ها و پروژه های اجرا شده
فایل PDF یادداشت‌ های ارائه مدرس

نرم افزارهای مرتبط با آموزش

GROMACS 5.1.4, Gauss view 5.0, Chemoxon 18.0, GAUSSIAN 09, VMD 1.9.3

راهنمای سفارش آموزش‌ها

آیا می دانید که تهیه یک آموزش از فرادرس و شروع یادگیری چقدر ساده است؟

(راهنمایی بیشتر +)

در مورد این آموزش یا نحوه تهیه آن سوالی دارید؟
  • با شماره تلفن واحد مخاطبین ۵۷۹۱۶۰۰۰ (پیش شماره ۰۲۱) تماس بگیرید. - تمام ساعات اداری
  • با ما مکاتبه ایمیلی داشته باشید (این لینک). - میانگین زمان پاسخ دهی: ۳۰ دقیقه


اطلاعات تکمیلی

نام آموزش آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار گرومکس GROMACS
ناشر فرادرس
شناسه اثر ۸–۱۲۴۵۲–۰۶۸۷۰۲ (ثبت شده در مرکز رسانه‌های دیجیتال وزارت ارشاد)
کد آموزش FVCH96102
مدت زمان ۴ ساعت و ۲۴ دقیقه
زبان فارسی
نوع آموزش آموزش ویدئویی (نمایش آنلاین + دانلود)
حجم دانلود ۶ گیگابایت (کیفیت ویدئو HD با فشرده سازی انحصاری فرادرس)


تضمین کیفیت و گارانتی بازگشت هزینه
توجه: کیفیت این آموزش توسط فرادرس تضمین شده است. در صورت عدم رضایت از آموزش، به انتخاب شما:
  • ۱۰۰ درصد مبلغ پرداختی در حساب کاربری شما شارژ می‌شود.
  • و یا ۷۰ درصد مبلغ پرداختی به حساب بانکی شما بازگشت داده می‌شود.
آموزش‌های مرتبط با آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار گرومکس GROMACS

نظرات

تا کنون ۱,۲۸۹ نفر از این آموزش استفاده کرده اند و ۱۱ نظر ثبت شده است.
مریم
مریم
۱۴۰۰/۱۲/۲۴

با توجه به زمان آموزش مطلب خوبی رو انتقال میدادند ارزش تایم گذاشتن رو داشت.

زهرا
زهرا
۱۴۰۰/۱۱/۰۴

من رشته ام تو این زمینه بود و آشنایی داشتم. خیلی آموزش پرمحتوایی بود. خیلی خوبه که در این زمینه که مدرس های توانمند کم هستند، مدرس خوبی رو انتخاب کردید.

سعیده
سعیده
۱۴۰۰/۱۱/۰۴

یه سری از توضیحات رو حتی تو دانشگاه هم نگفته بودن. خیلی خوب بود و از شکل و تصاویری که داخل ویدئوها بود خیلی خوشم اومد چون من هیچ منبع دیگه ای نداشتم که این تصاویر داخلش باشه. خلاصه من تا الان خیلی از فرادرس آموزش تهیه کردم و البته خواهم کرد.

معصومه
معصومه
۱۴۰۰/۱۱/۰۴

تا جایی که دیدم خوبه، قسمت تئوری شون و شروع آموزش و مقدمه ای که از کار گفته میشه خوبه.
اگر شروع آموزش خوب باشه، آدم می تونه حتی ایده پردازی هم بکنه، بقیه ش دیگه به خود شخص بستگی داره که چقدر مقاله مطالعه کرده باشه.

هومن
هومن
۱۴۰۰/۰۹/۳۰

کلیت نرم افزارو کار باهاشو اینکه گرومکس چیه رو بهمون میگن. کاش راجع به خطاهایی هم که ممکنه پیش بیاد هم بهمون می گفتند.

انوش
انوش
۱۴۰۰/۰۸/۱۵

بیان خیلی خوبه و مدرس روی موضوع و مطالب اشراف دارن

ریحانه بامداد
ریحانه بامداد
۱۳۹۹/۱۱/۲۵

 با سلام. ضمن تشکر از سرکار خانم آزاده کردزاده. اموزش نسبتا مناسبی بود و تسلط مدرس به مطالب واضح بود. منتهای مراتب آموزش برای افراد مبتدی توصیه نمیشود.این آموزش مناسب فردی است که با لینوکس و شبیه سازی و شیمی محاسباتی اشنایی داشته باشد. در هیچ بخشی از اموزش هیچ توضیحی در مورد نحوه دریافت فایلهایی با پسوند mdp داده نمیشود که بدیهی است باعث سردرگمی افراد مبتدی خواهد شد.

عاطفه غفاری
عاطفه غفاری
۱۳۹۹/۱۰/۲۸

من برای پایان نامه استفاده کردم و بهم کمک کرد.صریح ساده و شفاف بود.ممنونم

راحله پیله ور شهری
راحله پیله ور شهری
۱۳۹۹/۱۰/۲۴

آموزش خیلی خوبی بود . ممنون از فرادرس و خانم مهندس کردزاده.

محمدامین
محمدامین
۱۳۹۸/۰۸/۲۰

آموزش خوبی بود من برای پایان نامم می خواستم از این آموزش استفاده کنم که راضی بودم و تونست نیازهای منو برطرف کنه

دسته‌بندی موضوعی: مهندسی پزشکی | مهندسی شیمی
برچسب‌ها:
Basis Set محاسبات در گوسین | GROMACS Software | آشنایی با محیط لینوکس | آشنایی با نرم ‌افزار گرومکس | آنالیز پیوندهای هیدروژنی با گرومکس | آنالیز تابع توزیع شعاعی | آنالیز نمونه گیری چتری | آنالیزهای غشا دولایه | اجرای شبیه سازی با گرومکس | اصلاح توپولوژی گرومکس | اصول شبیه ‌سازی دینامیک مولکولی | اصول شبیه سازی هدایت شده | الگوریتم دینامیک مولکولی | انجام آنالیز با گرومکس | انواع محاسبات در نرم افزار گوسین | تئوری محاسبات در گوسین | تنظیم دما با گرومکس | تنظیم فشار با گرومکس | جعبه شبیه سازی در گرومکس | حداقل سازی انرژی در گرومکس | دینامیک مولکول های زیستی | روش نصب نرم افزار گرومکس | ساخت توپولوژی با دستور X2TOP | ساخت توپولوژی گرومکس | ساخت فایل ورودی مولکول ها | شبیه سازی پروتئین لیزوزیم در آب | شبیه سازی دینامیک مولکولی | شبیه سازی دینامیک مولکولی با گرومکس | شبیه سازی غشا دو لایه سلول | شبیه سازی نانولوله های کربنی در گرومکس | محاسبات شیمی کوانتومی | محاسبه بار جزئی در گوسین | محاسبه برهم کنش های الکترواستاتیک | محاسبه برهم کنش های واندروالس | مراحل نمونه گیری چتری با گرومکس | معرفی نرم افزار گوسین | نرم افزار GROMACS | نرم افزار گرومکس | نرم افزار گوسین | نرم افزارهای شبیه سازی دینامیک مولکولی | نصب نرم افزار GROMACS | نصب نرم افزار گرومکس | نصب نرم افزار گرومکس در لینوکس
مشاهده بیشتر مشاهده کمتر
×
فهرست جلسات ۷ جلسه ویدئویی
×