آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار GROMACS

دسترسی به اطلاعات این آموزش: اطلاعات کلی محتوا و سرفصل ها پیش نمایش و دانلود اطلاعات تکمیلی دیدگاه ها
آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار GROMACS

درباره ناشر

فرادرس
فرادرس

فرادرس بزرگ‌ترین ناشر دیجیتال آموزش‌های تخصصی، دانشگاهی و مهندسی است.

درباره مدرس

مهندس آزاده کردزاده
مهندس آزاده کردزاده

مدرس فرادرس

کارشناسی ارشد مهندسی شیمی


آزاده کردزاده کارشناس ارشد مهندسی شیمی هستند و شبیه‌ سازی نانولوله‌ های کربنی را به عنون حامل دارو با استفاده از نرم‌افزار گرومکس (GROMACS) در پایان نامه ارشد مورد بررسی قرار داده اند. در حال حاضر در حال ادامه شبیه‌ سازی‌ ها و استخراج مقاله از پایان‌ نامه ارشد خود هستند. (+)



نرم افزار گرومکس (GROMACS) به دلیل رایگان بودن سورس نرم افزار، داشتن ابزارهای تجزیه و تحلیل نتایج و الگوریتم محاسبه ای موازی و سریع آن از استقبال خوبی بین کاربران و محققان، برخوردار شده است. در این فرادرس به آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار گرومکس، ساخت ورودی برای شبیه سازی و انجام آن، آشنایی با ابزار تجزیه و تحلیل نتایج، می پردازیم. با توجه به توسعه رشته های چند نظمی و قابلیت به کارگیری گرومکس در زمینه های مختلف اعم از: مسائل زیستی و غیرزیستی، مخاطبان این آموزش می توانند دانشجویان رشته های مختلف از جمله: شیمی، زیست، بیوشیمی، پزشکی، داروسازی و مهندسی باشند.

👤 مدرس: مهندس آزاده کردزاده
🕓 مدت زمان: ۴ ساعت و ۲۸ دقیقه
🎓 تعداد دانشجو: ۲۸۲ نفر این آموزش را تهیه کرده اند. — ۲۹ نفر در یک ماه اخیر
روش دریافت: صرفا از طریق لینک دانلود (بدون بسته فیزیکی)

هزینه آموزش: ۲۲,۰۰۰ تومان


آنچه شما در این فرادرس خواهید دید:
آموزش ویدئویی مورد تایید فرادرس
فایل برنامه ها و پروژه های اجرا شده در حین آموزش
فایل PDF یادداشت های مدرس در حین آموزش

تضمین کیفیت و گارانتی بازگشت هزینه
توجه: کیفیت این آموزش توسط فرادرس تضمین شده است. در صورت عدم رضایت از آموزش، به انتخاب شما:
  • به صورت رایگان یک یا چند آموزش معادل دیگر دریافت می کنید.
  • و یا ۷۰ درصد مبلغ پرداختی به حساب بانکی شما بازگشت داده می شود.
    (توضیحات بیشتر +)
دانلود آنی
فعال‌سازی آنی لینک دانلود، بلافاصله پس از ثبت سفارش


    توضیحات

    چکیده آموزش


    ترکیبات زیستی نظیر پروتئین ها، ماشین های حیات هستند، برای انجام اعمال زیستی بایستی این ترکیبات، حرکت انجام دهند، اعم از: حرکت های درونی یا جابجایی، بنابراین اگر بخواهیم عملکرد مولکول های زیستی را درک کنیم باید ساختار و دینامیک آن ها را مطالعه کنیم. از طرفی، روش تجربی برای مطالعه دینامیک مولکول های زیستی در مقیاس های اتمی و مولکولی در دامنه های حرکتی کم در حد نانو ثانیه و پیکو ثانیه وجود ندارد. از این رو شبیه سازی دینامیک مولکولی ابزار مناسبی برای مطالعه این فرایندها به شمار می روند.

    فارغ از این که ریاضیات حاکم بر این روش چیست، نرم افزارهای مختلفی برای انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی توسعه یافته می توان به نرم افزار های GROMACS, Amber, NAMD اشاره کرد. نرم افزار گرومکس به دلیل رایگان بودن سورس نرم افزار، داشتن ابزارهای تجزیه و تحلیل نتایج و الگوریتم محاسبه ای موازی و سریع آن از استقبال خوبی بین کاربران و محققان برخوردار شده است.

    در این فرادرس، به آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار گرومکس، ساخت ورودی برای شبیه سازی و انجام آن و آشنایی با ابزار تجزیه و تحلیل نتایج می پردازیم. با توجه به توسعه رشته های چند نظمی و قابلیت به کارگیری گرومکس در زمینه های مختلف اعم از مسائل زیستی و غیرزیستی، مخاطبین این آموزش می توانند دانشجویان رشته های مختلف از جمله: شیمی، زیست، بیوشیمی، پزشکی، داروسازی و مهندسی باشند.

     

    فهرست سرفصل ها و رئوس مطالب مطرح شده در این مجموعه آموزشی، در ادامه آمده است:
    • درس یکم: آشنایی با اصول شبیه ‌سازی دینامیک مولکولی
      • انواع روش های شبیه سازی
      • الگوریتم دینامیک مولکولی
      • نرم افزارهای شبیه سازی دینامیک مولکولی
    • درس دوم: آشنایی با نرم ‌افزار گرومکس و روش نصب
      • آشنایی با محیط لینوکس (Linux)
      • نصب نرم افزار گرومکس (GROMACS)
    • درس سوم: شبیه سازی پروتئین لیزوزیم (Lysozyme) در آب
      • معرفی مراحل اصلی شبیه سازی
      • ساخت فایل ورودی مولکول ها
      • تعریف جعبه شبیه سازی
      • حداقل سازی انرژی
      • تنظیم دما و فشار
      • اجرای شبیه سازی
      • انجام آنالیز
    • درس چهارم: نرم‌ افزار گوسین و محاسبات شیمی کوانتومی
      • ساخت توپولوژی گرومکس برای مولکول های غیرزیستی با استفاده از سرورهای اتوماتیک
      • معرفی نرم افزار گوسین (Gaussian) و انواع محاسبات
      • معرفی تئوری و Basis Set محاسبات در گوسین
      • محاسبه بار جزئی در گوسین و اصلاح توپولوژی گرومکس
      • آموزش ساخت توپولوژی با دستور X2TOP
    • درس پنجم: شبیه‌ سازی و آنالیز سیستم‌ های مختلف
      • شبیه سازی غشا دو لایه سلول
      • آنالیزهای غشا دولایه مانند: سطح به ازای لیپید، پارامتر نظم و ضریب نفوذ
      • شبیه سازی نانولوله های کربنی
      • آنالیز تابع توزیع شعاعی
      • آنالیز پیوندهای هیدروژنی
      • محاسبه برهم کنش های واندروالس (Van der Waals) و الکترواستاتیک
      • شبیه سازی در pH ثابت
    • درس ششم: آنالیز نمونه گیری چتری
      • اصول شبیه سازی هدایت شده
      • مراحل نمونه گیری چتری
      • محاسبه انرژی آزاد کپسوله شدن دارو داخل نانولوله کربنی

     

    مفید برای رشته های
    • مهندسی شیمی

    نرم افزارهای مرتبط با آموزش

    GROMACS 5.1.4, Gauss view 5.0, Chemoxon 18.0, GAUSSIAN 09, VMD 1.9.3

    پیش نیاز

    پیش نمایش

    پیش نمایش ۱ : آشنایی با اصول شبیه ‌سازی دینامیک مولکولی - ۵ دقیقه


    توجه: ممکن است که به خاطر سرعت پایین اینترنت شما، نمایش آنلاین با کیفیت پایین تر از کیفیت HD ویدئوی اصلی نمایش داده شوند. در این صورت آموزش را دانلود کرده و سپس مشاهده نمایید.

    دانلود مستقیم پیش نمایش - حجم دانلود ۵ مگابایت (کلیک کنید +)


    پیش نمایش ۲ : آشنایی با نرم ‌افزار گرومکس و روش نصب - ۳ دقیقه


    توجه: ممکن است که به خاطر سرعت پایین اینترنت شما، نمایش آنلاین با کیفیت پایین تر از کیفیت HD ویدئوی اصلی نمایش داده شوند. در این صورت آموزش را دانلود کرده و سپس مشاهده نمایید.

    دانلود مستقیم پیش نمایش - حجم دانلود ۵ مگابایت (کلیک کنید +)


    پیش نمایش ۳ : شبیه‌ سازی پروتئین لیزوزیم در آب - ۱۹ دقیقه


    توجه: ممکن است که به خاطر سرعت پایین اینترنت شما، نمایش آنلاین با کیفیت پایین تر از کیفیت HD ویدئوی اصلی نمایش داده شوند. در این صورت آموزش را دانلود کرده و سپس مشاهده نمایید.

    دانلود مستقیم پیش نمایش - حجم دانلود ۴۱ مگابایت (کلیک کنید +)


    پیش نمایش ۴ : نرم‌ افزار گوسین و محاسبات شیمی کوانتومی - ۱۴ دقیقه


    مشاهده آنلاین و یا دانلود رایگان این پیش نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.

    پیش نمایش ۵ : شبیه‌ سازی و آنالیز سیستم‌ های مختلف - ۱۴ دقیقه


    مشاهده آنلاین و یا دانلود رایگان این پیش نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.

    پیش نمایش ۶ : آنالیز نمونه‌ گیری چتری - ۶ دقیقه


    مشاهده آنلاین و یا دانلود رایگان این پیش نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.


    آموزش‌های پیشنهادی و مرتبط




    اطلاعات تکمیلی

    نام آموزش آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار GROMACS
    ناشر فرادرس
    شناسه اثر ۸-۱۲۴۵۲-۰۶۸۷۰۲ (ثبت شده در مرکز رسانه‌های دیجیتال وزارت ارشاد)
    کد آموزش FVCH96102
    مدت زمان ۴ ساعت و ۲۸ دقیقه
    زبان فارسی
    نوع آموزش آموزش ویدئویی     (کیفیت HD - مورد تایید فنی فرادرس)
    حجم دانلود ۶۵۹۴ مگابایت     (کیفیت ویدئو HD‌ با فشرده سازی انحصاری فرادرس)


    ​راهنمای تهیه آموزش ها

    آیا می دانید که تهیه یک آموزش از فرادرس و شروع یادگیری چقدر ساده است؟

    راهنمایی بیشتر ( +)

    در مورد این آموزش یا نحوه تهیه آن سوالی دارید؟ 
    • با شماره تلفن واحد مخاطبین ۵۷۹۱۶۰۰۰ (پیش شماره ۰۲۱) تماس بگیرید. - تمام ساعات اداری
    • با ما مکاتبه ایمیلی داشته باشید (این لینک). - میانگین زمان پاسخ دهی: ۳۰ دقیقه

    با شروع یادگیری، یک کلیک فاصله دارید. همین حالا شروع کنید.

    آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار GROMACS

    هزینه آموزش: ۲۲,۰۰۰ تومان




    دیدگاه ها

    تا کنون ۲۸۲ نفراز این آموزش استفاده کرده اند.
    1. 3 از 5

      :

      آموزش خوبی بود. ممنون از تلاش شما. بهتر بود در خصوص علت انتخاب پارامترهای مختلف در مراحل شبیه سازی بیشتر توضیج داده شود تا افراد کاملا مبتدی هم با توجه به نوع مولکول خود بتوانند از این آموزش استفاده کنند.


    نظر شما در مورد این فرادرس چیست؟

    پاسخ دهید

    نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *

    امتیاز شما به این آموزش:



​همین امروز شروع به آموختن کنید​

آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار GROMACS

هزینه آموزش: ۲۲,۰۰۰ تومان


برچسب‌ها: , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , ,

دسته های مرتبط: ,


فرادرس در رسانه ها و جشنواره ها

روزنامه ایرانیان مرکز توسعه فناوری اطلاعات و رسانه های دیجیتال روز آفرین نت استارت کنفرانس مهندسی برق ایران جشنواره وب ایران