Faradars Discount
۴۰٪ تخفیف جشنواره روز مهندس فرادرس کد تخفیف: ENGR97
فرصت باقیمانده تخفیف ویژه

آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی با گرومکس (GROMACS) – پیش ثبت نام

دسترسی به اطلاعات این آموزش: اطلاعات کلی محتوا و سرفصل ها پیش نمایش و دانلود اطلاعات تکمیلی دیدگاه ها

درباره ناشر

فرادرس
فرادرس

فرادرس بزرگ‌ترین ناشر دیجیتال آموزش‌های تخصصی، دانشگاهی و مهندسی است.

درباره مدرس

گروه مدرسین فرادرس
گروه مدرسین فرادرس

فرادرس از جهت فرصت آموختن، یک محیط کاملا باز (بدون هیچ مرز و شرط برای ورود) برای همه است. اما از جهت فرصت آموزش دادن، یک محیط به شدت بسته است و مدرسین آن با عبور از سخت ترین ضوابط علمی و فیلترهای مهارت آموزشی برگزیده و دستچین می شوند. در چندین سال گذشته کمتر از 5 درصد متقاضیان تدریس در فرادرس توانسته اند به مرحله نهایی ارائه آموزش در آن برسند. ارائه یک آموزش توسط «گروه مدرسین فرادرس» تضمینی برای کیفیت آن می باشد. (+)



نرم افزار گرومکس به دلیل رایگان بودن سورس نرم افزار، داشتن ابزارهای تجزیه و تحلیل نتایج و الگوریتم محاسبه ای موازی و سریع آن از استقبال خوبی بین کاربران و محققان، برخوردار شده است. در این فرادرس به آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار گرومکس، ساختن ورودی برای شبیه سازی و انجام آن، آشنایی با ابزار تجزیه و تحلیل نتایج، می پردازیم. با توجه به توسعه رشته های چند نظمی و قابلیت به کارگیری گرومکس در زمینه های مختلف اعم از: مسائل زیستی و غیرزیستی، مخاطبان این آموزش می توانند دانشجویان رشته های مختلف از جمله: شیمی، زیست، بیوشیمی، پزشکی، داروسازی و مهندسی باشند.

👤 مدرس: گروه مدرسین فرادرس
روش دریافت: لینک دانلود و/یا ارسال فیزیکی

وضعیت انتشار در مرحله انتشار
زمان تقریبی انتشار ۱ تا ۴ هفته

درخواست اطلاع رسانی انتشار این آموزش

این آموزش در آخرین مراحل انتشار است و به زودی در فرادرس ارائه عمومی آن آغاز خواهد شد. شما می توانید با وارد کردن ایمیل خود، در اولین زمان، از انتشار نهایی این آموزش مطلع شوید.

مزایای درخواست اطلاع رسانی انتشار:

  • مطلع شدن از انتشار آموزش در اولین زمان پس از انتشار
  • دادن بیشترین اولویت انتشار به آموزش های مورد نظر خود (آموزش های با بیشترین پیش ثبت نام، با اولویت بیشتری منتشر می شوند)
  • دریافت تخفیف ویژه به هنگام انتشار، مختص افرادی که درخواست اطلاع رسانی در یک آموزش داشته اند.




    توضیحات

    ترکیبات زیستی نظیر پروتئین ها، ماشین های حیات هستند، برای انجام اعمال زیستی، بایستی این ترکیبات، حرکت انجام دهند، اعم از: حرکت های درونی یا جابجایی، بنابراین اگر بخواهیم عملکرد مولکول های زیستی را درک کنیم بایستی ساختار و دینامیک آن ها را مطالعه کنیم. از طرفی، روش تجربی برای مطالعه دینامیک مولکول های زیستی در مقیاس های اتمی و مولکولی در دامنه های حرکتی کم، در حد نانو ثانیه و پیکو ثانیه وجود ندارد. از این رو شبیه سازی دینامیک مولکولی، ابزار مناسبی برای مطالعه این فرایندها به شمار می روند.

    فارغ از این که ریاضیات حاکم بر این روش چیست، نرم افزارهای مختلفی برای انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی توسعه یافته می توان به نرم افزار های GROMACS ,Amber ,NAMD اشاره کرد. نرم افزار گرومکس به دلیل رایگان بودن سورس نرم افزار، داشتن ابزارهای تجزیه و تحلیل نتایج و الگوریتم محاسبه ای موازی و سریع آن از استقبال خوبی بین کاربران و محققان، برخوردار شده است.

    در این فرادرس، به آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم افزار گرومکس، ساختن ورودی برای شبیه سازی و انجام آن، آشنایی با ابزار تجزیه و تحلیل نتایج، می پردازیم. با توجه به توسعه رشته های چند نظمی و قابلیت به کارگیری گرومکس در زمینه های مختلف اعم از مسائل زیستی و غیرزیستی، مخاطبین این آموزش می توانند دانشجویان رشته های مختلف از جمله: شیمی، زیست، بیوشیمی، پزشکی، داروسازی و مهندسی باشند.

     

    فهرست سرفصل ها و رئوس مطالب مطرح شده در این مجموعه آموزشی، در ادامه آمده است:
    • درس یکم: شبیه سازی مولکولی
      • انواع روش های شبیه سازی
      • الگوریتم دینامیک مولکولی
      • نرم افزارهای شبیه سازی دینامیک مولکولی
    • درس دوم: نرم افزار گرومکس (GROMACS)
      • آشنایی با محیط لینوکس
      • نصب نرم افزار گرومکس
    • درس سوم: شبیه سازی پروتئین لیزوزیم (Lysozyme) در آب
      • معرفی مراحل اصلی شبیه سازی
      • ساخت فایل ورودی مولکول ها
      • تعریف جعبه شبیه سازی
      • حداقل سازی انرژی
      • تنظیم دما و فشار
      • اجرای شبیه سازی
      • انجام آنالیز
    • درس چهارم: محاسبات شیمی کوانتومی
      • ساخت توپولوژی گرومکس برای مولکول های غیرزیستی با استفاده از سرورهای اتوماتیک
      • معرفی نرم افزار گوسین (Gaussian) و انواع محاسبات
      • معرفی تئوری و Basis Set محاسبات در گوسین
      • محاسبه بار جزئی در گوسین و اصلاح توپولوژی گرومکس
      • آموزش ساخت توپولوژی با دستور X2TOP
    • درس پنجم: شبیه سازی سیستم های مختلف
      • شبیه سازی غشا دو لایه سلول
      • آنالیزهای غشا دولایه مانند: سطح به ازای لیپید، پارامتر نظم و ضریب نفوذ
      • شبیه سازی نانولوله های کربنی
      • آنالیز تابع توزیع شعاعی
      • آنالیز پیوندهای هیدروژنی
      • محاسبه برهم کنش های واندروالس (Van der Waals) و الکترواستاتیک
      • شبیه سازی در pH ثابت
    • درس ششم: آنالیز نمونه گیری چتری
      • اصول شبیه سازی هدایت شده
      • مراحل نمونه گیری چتری
      • محاسبه انرژی آزاد کپسوله شدن دارو داخل نانولوله کربنی

     

    مفید برای رشته های
    • شیمی
    • زیست شناسی

    نرم افزارهای مرتبط با آموزش

    GROMACS 5.1.4, Gauss view 5.0, Chemoxon 18.0, GAUSSIAN 09, VMD 1.9.3

    پیش نیاز


    اطلاعات تکمیلی

    نام آموزش آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی با گرومکس (GROMACS) – پیش ثبت نام
    ناشر فرادرس
    کد آموزش FVCH96102
    زبان فارسی
    نوع آموزش آموزش ویدئویی     (کیفیت HD - مورد تایید فنی فرادرس)
    تعداد DVD یک عدد (در صورت دریافت غیر آنلاین)




    دیدگاه ها

    1. 0 از 5

      :

      عالی است
      *****

    2. 0 از 5

      :

      لطفا سریعتر

    3. 0 از 5

      :

      سلام واقعا هرچه سریعتر تهیه بشه ممنون میشیم ازتون.

    4. 0 از 5

      :

      سلام
      لطفا زودتر منتشرش کنین خیلی وقته منتظر انتشارش هستیم .

    5. 5 از 5

      :

      منتظریم


    نظر شما در مورد این فرادرس چیست؟

    درج دیدگاه

    امتیاز شما به این آموزش:

    *




درخواست اطلاع رسانی انتشار این آموزش

این آموزش در آخرین مراحل انتشار است و به زودی در فرادرس ارائه عمومی آن آغاز خواهد شد. شما می توانید با وارد کردن ایمیل خود، در اولین زمان، از انتشار نهایی این آموزش مطلع شوید.

مزایای درخواست اطلاع رسانی انتشار:

  • مطلع شدن از انتشار آموزش در اولین زمان پس از انتشار
  • دادن بیشترین اولویت انتشار به آموزش های مورد نظر خود (آموزش های با بیشترین پیش ثبت نام، با اولویت بیشتری منتشر می شوند)
  • دریافت تخفیف ویژه به هنگام انتشار، مختص افرادی که درخواست اطلاع رسانی در یک آموزش داشته اند.



برچسب‌ها: , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , ,




فرادرس در رسانه ها و جشنواره ها

روزنامه ایرانیان مرکز توسعه فناوری اطلاعات و رسانه های دیجیتال روز آفرین نت استارت کنفرانس مهندسی برق ایران جشنواره وب ایران

عضویت در خبرنامه فرادرس

برای دریافت اخبار مربوط به آخرین فرادرس های منتشر شده، ایمیل خود را در کادر زیر وارد نمایید.


تمامی محصولات و خدمات این وبسایت، حسب مورد دارای مجوزهای لازم از مراجع مربوطه می‌باشند و فعالیت‌های این سایت تابع قوانین و مقررات جمهوری اسلامی ایران است.

فرادرس مجوز نشر دیجیتال از وزرات فرهنگ و ارشاد اسلامی logo-samandehi پرداخت آنلاین -  بانک ملت پرداخت آنلاین - بانک پارسیان پرداخت آنلاین - بانک اقتصاد نوین پرداخت آنلاین - بانک سامان