امروزه با گسترش علوم، استفاده از برنامه های محاسباتی در زمینه های مختلف از جمله: علوم دارویی و زیستی اهمیت زیادی پیدا کرده است. در بسیاری از موارد با استفاده از این برنامه ها می توان روند انجام فرایندها، انجام پذیر بودن واکنش، به دست آوردن گونه مطلوب و … را تسریع بخشید. یکی از این برنامه ها، نرم افزار AutoDock است. با استفاده از این نرم افزار در بسیاری از موارد می توان فرایند تشخیص و شناسایی گونه های جدید دارویی را انجام داد. بر هم کنش ها را مشخص نمود و بسیاری از آنالیزهای دیگر که می تواند در حوزه زیستی بسیار مفید واقع شوند.
آموزش داکینگ مولکولی Molecular Docking با اتوداک AutoDock
دکتر سید یوسف ابراهیمی پور، دارای مدرک دکترا در رشته شیمی گرایش معدنی و عضو هیات علمی دانشگاه شهید باهنر کرمان هستند. زمینه تحقیقاتی ایشان، سنتز و شناسایی ترکیبات کئوردیناسیون، بیوشیمی معدنی، نانو تکنولوژی، محاسبات نظری، الکتروشیمی و کاتالیست ها است. ایشان دارای مقالات بسیاری در حوزه های اعلام شده هستند.
توضیحات تکمیلی
امروزه با گسترش علوم، استفاده از برنامه های محاسباتی در زمینه های مختلف از جمله: علوم دارویی و زیستی اهمیت زیادی پیدا کرده است. در بسیاری از موارد با استفاده از این برنامه ها می توان روند انجام فرایندها، انجام پذیر بودن واکنش، به دست آوردن گونه مطلوب و … را تسریع بخشید. یکی از این برنامه ها، نرم افزار AutoDock است. با استفاده از این نرم افزار در بسیاری از موارد می توان فرایند تشخیص و شناسایی گونه های جدید دارویی را انجام داد. بر هم کنش ها را مشخص نمود و بسیاری از آنالیزهای دیگر که می تواند در حوزه زیستی بسیار مفید واقع شوند.
فهرست سرفصل‌ها و رئوس مطالب مطرح شده در اين مجموعه آموزشی، در ادامه آمده است:
- درس یکم: مقدمه ای بر داکینگ مولکولی
- درس دوم: آشنایی با رسپتور (Receptor) و لیگاند
- درس سوم: آشنایی با نرم افزارهای لازم برای داکینگ
- درس چهارم: نرم افزار ADT
- درس پنجم: نرم افزار ChemOffice
- درس ششم: نرم افزار Gaussian
- درس هفتم: نرم افزار Viewer Lite
- درس هشتم: نرم افزار ++Notepad
- درس نهم: آشنایی با پایگاه RCSB PDB
- درس دهم: آماده سازی لیگاند برای نرم افزار AutoDock
- درس یازدهم: آماده سازی رسپتور برای نرم افزار AutoDock
- درس دوازدهم: شیوه کار با AutoDock و ساخت ورودی های اولیه
- درس سیزدهم: آشنایی با فایل Pdbqt
- درس چهاردهم: طریقه ساخت Grid و فایل GPF
- درس پانزدهم: طریقه ساخت فایل DPF و خط فرمان ها و اصول داکینگ
- درس شانزدهم: خروجی dlg و آنالیز آن
- درس هفدهم: آشنایی با AutoDock Vina
- درس هجدهم: آماده سازی لیگاند برای نرم افزار AutoDock Vina
- درس نوزدهم: آماده سازی رسپتور برای نرم افزار AutoDock Vina
- درس بیستم: ساخت ورودی های اولیه برای نرم افزار AutoDock Vina
- درس بیست و یکم: روش کار با نرم افزار AutoDock Vina
- درس بیست و دوم : خروجی برنامه و آنالیز آن
- درس بیست و سوم: استفاده از Ligplot در تفسیر نتایج
مفید برای
- شیمی
- زیست شناسی
- بیوتکنولوژی
- داروسازی
پیش نیاز
آنچه در این آموزش خواهید دید:
نرم افزارهای مرتبط با آموزش
پیش نمایش‌ها
۱.
مقدمه ای بر داکینگ مولکولی
۲.
آشنایی با رسپتور (Receptor) و لیگاند
۳.
آشنایی با نرم افزارهای لازم برای داکینگ
۴.
نرم افزار ADT
۵.
نرم افزار ChemOffice
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
۶.
نرم افزار Gaussian
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
۷.
نرم افزار Viewer Lite
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
۸.
نرم افزار ++Notepad
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
۹.
آشنایی با پایگاه RCSB PDB
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
۱۰.
آماده سازی لیگاند برای نرم افزار AutoDock
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
۱۱.
آماده سازی رسپتور برای نرم افزار AutoDock
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
۱۲.
شیوه کار با AutoDock و ساخت ورودی های اولیه
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
۱۳.
آشنایی با فایل Pdbqt
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
۱۴.
طریقه ساخت Grid و فایل GPF
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
۱۵.
طریقه ساخت فایل DPF و خط فرمان ها و اصول داکینگ
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
۱۶.
خروجی dlg و آنالیز آن
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
۱۷.
آشنایی با AutoDock Vina
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
۱۸.
آماده سازی لیگاند برای نرم افزار AutoDock Vina
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
۱۹.
آماده سازی رسپتور برای نرم افزار AutoDock Vina
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
۲۰.
ساخت ورودی های اولیه برای نرم افزار AutoDock Vina
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
۲۱.
روش کار با نرم افزار AutoDock Vina
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
۲۲.
خروجی برنامه و آنالیز آن
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
۲۳.
استفاده از Ligplot در تفسیر نتایج
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
راهنمای سفارش آموزش‌ها
.svg)
در مورد این آموزش یا نحوه تهیه آن سوالی دارید؟
- با شماره تلفن واحد مخاطبین ۵۷۹۱۶۰۰۰ (پیش شماره ۰۲۱) تماس بگیرید. - تمام ساعات اداری
- با ما مکاتبه ایمیلی داشته باشید (این لینک). - میانگین زمان پاسخ دهی: ۳۰ دقیقه
اطلاعات تکمیلی
| نام آموزش | آموزش داکینگ مولکولی Molecular Docking با اتوداک AutoDock |
|---|---|
| ناشر | فرادرس |
| شناسه اثر | ۸–۱۲۴۵۲–۰۶۴۷۳۱ (ثبت شده در مرکز رسانه‌های دیجیتال وزارت ارشاد) |
| کد آموزش | FVCH9608 |
| مدت زمان | ۵ ساعت و ۴ دقیقه |
| زبان | فارسی |
| نوع آموزش | آموزش ویدئویی (نمایش آنلاین + دانلود) |
| حجم دانلود | ۷۷۵ مگابایت (کیفیت ویدئو HD با فشرده سازی انحصاری فرادرس) |
- ۱۰۰ درصد مبلغ پرداختی در حساب کاربری شما شارژ می‌شود.
- و یا ۷۰ درصد مبلغ پرداختی به حساب بانکی شما بازگشت داده می‌شود.
نظرات
واقعا عالی بود. به نظرم بهترین آموزشی بود که از فرادرس گرفته بودم.
فوق العاده عالی بود
از پایه همه چیزو توضیح میدادند
من که خیلی خیلی راضی بودم
مگه میشه این آموزش رو دید و راضی نبود؟ خیلی جامع توضیح داده شده بود.
خیلی خوب توضیح داده شده بود، من برای اطلاعات عمومی تهیه کردم ولی خیلی اطلاعات جامعی گرفتم.
با عرض ادب و خسته نباشید خدمت مدرس محترم. ممنون و متشکر بابت تدریس خوب تان.
خیلی خوب بود.مفید تر از هر کلاسی که تو دانشگاه رفتم.خدا خیرتون بده
عالی بود، فن بیان، آرامش مدرس و تسلطشون، امیدوارم آموزشهای بیشتری رو قرار بدن برای ما
آموزش های زیادی از سایت شما تهیه کردم هم خودم و هم اینکه اعضای خانوادم و مشکلی در محتوای آموزش هاتون ندیدم تنها موردی که وجود داره لینک های دانلود که چند وقتی با خطا مواجه میشه البته با کمک همکاران پشتیبان این مورد حل شد ولی پیشنهاد می کنم به صورت کلی حل کنید این مورد.
بحث داکنیگ ملکولی توسط استاد بسیار دقیق توضیح داده شده است و هم چنین تمام نرم افزار های مورد نیاز معرفی و در دسترس بودند واقعا دوره کامل و جامعی بود
خیلی خوب و کاربردی بود، تا جایی که می شد نکاتش رو گرفتم. خیلی از آشنایی من با سایت نمی گذره ولی نظرم مثبت.