امروزه با گسترش علوم، استفاده از برنامه های محاسباتی در زمینه های مختلف از جمله: علوم دارویی و زیستی اهمیت زیادی پیدا کرده است. در بسیاری از موارد با استفاده از این برنامه ها می توان روند انجام فرایندها، انجام پذیر بودن واکنش، به دست آوردن گونه مطلوب و … را تسریع بخشید. یکی از این برنامه ها، نرم افزار AutoDock است. با استفاده از این نرم افزار در بسیاری از موارد می توان فرایند تشخیص و شناسایی گونه های جدید دارویی را انجام داد. بر هم کنش ها را مشخص نمود و بسیاری از آنالیزهای دیگر که می تواند در حوزه زیستی بسیار مفید واقع شوند.
فهرست سرفصل ها و رئوس مطالب مطرح شده در این مجموعه آموزشی، در ادامه آمده است:
- درس یکم: مقدمه ای بر داکینگ مولکولی
- درس دوم: آشنایی با رسپتور (Receptor) و لیگاند
- درس سوم: آشنایی با نرم افزارهای لازم برای داکینگ
- درس چهارم: نرم افزار ADT
- درس پنجم: نرم افزار ChemOffice
- درس ششم: نرم افزار Gaussian
- درس هفتم: نرم افزار Viewer Lite
- درس هشتم: نرم افزار ++Notepad
- درس نهم: آشنایی با پایگاه RCSB PDB
- درس دهم: آماده سازی لیگاند برای نرم افزار AutoDock
- درس یازدهم: آماده سازی رسپتور برای نرم افزار AutoDock
- درس دوازدهم: شیوه کار با AutoDock و ساخت ورودی های اولیه
- درس سیزدهم: آشنایی با فایل Pdbqt
- درس چهاردهم: طریقه ساخت Grid و فایل GPF
- درس پانزدهم: طریقه ساخت فایل DPF و خط فرمان ها و اصول داکینگ
- درس شانزدهم: خروجی dlg و آنالیز آن
- درس هفدهم: آشنایی با AutoDock Vina
- درس هجدهم: آماده سازی لیگاند برای نرم افزار AutoDock Vina
- درس نوزدهم: آماده سازی رسپتور برای نرم افزار AutoDock Vina
- درس بیستم: ساخت ورودی های اولیه برای نرم افزار AutoDock Vina
- درس بیست و یکم: روش کار با نرم افزار AutoDock Vina
- درس بیست و دوم : خروجی برنامه و آنالیز آن
- درس بیست و سوم: استفاده از Ligplot در تفسیر نتایج
مفید برای رشته های
- شیمی
- زیست شناسی
- بیوتکنولوژی
- داروسازی
علی اصغر :
سرفصل ها که عالی
*****
مهنوش صابر :
پرداختن به این موضوع واقعا عالی است
واحدی :
جناب آقای دکتر ابراهیمی پور با تشکر از این آموزش و زحمات شما، اگر امکان دارد آموزشی نیز برای شبیه سازی مولکولی و محاسبات پایداری و انرژی مولکول ها با استفاده از یک نرم افزار معتبر (برای مثال گوسین) تهیه بفرمایید.