آموزش مقدماتی Biopython (بیوانفورماتیک با پایتون) – پیش ثبت نام

دسترسی به اطلاعات این آموزش: اطلاعات کلی محتوا و سرفصل ها پیش نمایش و دانلود اطلاعات تکمیلی دیدگاه ها
آموزش مقدماتی Biopython (بیوانفورماتیک با پایتون)

درباره ناشر

فرادرس
فرادرس

فرادرس بزرگ‌ترین ناشر دیجیتال آموزش‌های تخصصی، دانشگاهی و مهندسی است.

درباره مدرس

گروه مدرسین فرادرس
گروه مدرسین فرادرس

فرادرس از جهت فرصت آموختن، یک محیط کاملا باز (بدون هیچ مرز و شرط برای ورود) برای همه است. اما از جهت فرصت آموزش دادن، یک محیط به شدت بسته است و مدرسین آن با عبور از سخت ترین ضوابط علمی و فیلترهای مهارت آموزشی برگزیده و دستچین می شوند. در چندین سال گذشته کمتر از 5 درصد متقاضیان تدریس در فرادرس توانسته اند به مرحله نهایی ارائه آموزش در آن برسند. ارائه یک آموزش توسط «گروه مدرسین فرادرس» تضمینی برای کیفیت آن می باشد. (+)



امروزه بحث بیوانفورماتیک توجه بسیاری از محققان رشته های مختلف را که به نوعی به زیست شناسی، ژنتیک، شیمی، پزشکی، داروسازی و علوم کامپیوتر مخصوصا رشته هوش مصنوعی مربوط هستند، به خود جلب کرده است. هدف از این فرادرس آشنایی شما با مجموعه ای از ابزارهایی است که زبان شی گرای Python مشخصا برای محاسبات زیستی در دسترس قرارداده است و کار را برای بسیاری از علاقه مندان و محققان بیوانفورماتیک راحت تر کرده است. این زبان قابل توسعه با ماژول های C و ++C است.

👤 مدرس: گروه مدرسین فرادرس
روش دریافت: لینک دانلود و/یا ارسال فیزیکی

وضعیت انتشار در حال برنامه ریزی
زمان تقریبی انتشار بر حسب تعداد درخواست های دانشجویان و اولویت زمانی و آموزشی اعضای هیات علمی فرادرس، انتشار این آموزش در واحد نشر فرادرس اولویت سنجی می شود. انتشار یک آموزش پس از شروع به ضبط معمولا ۴ تا ۱۲ هفته زمان می برد.

درخواست اطلاع رسانی انتشار این آموزش

این آموزش در حال برنامه ریزی برای ارائه در فرادرس است و انتشار سریع تر آن، بستگی به تعداد متقاضیان این آموزش دارد. چنانچه شما نیز تمایل به انتشار سریع این آموزش دارید در کادر زیر ایمیل خود را درج نمایید.

مزایای درخواست اطلاع رسانی انتشار:

  • مطلع شدن از انتشار آموزش در اولین زمان پس از انتشار
  • دادن بیشترین اولویت انتشار به آموزش های مورد نظر خود (آموزش های با بیشترین پیش ثبت نام، با اولویت بیشتری منتشر می شوند)
  • دریافت تخفیف ویژه به هنگام انتشار، مختص افرادی که درخواست اطلاع رسانی در یک آموزش داشته اند.




    توضیحات

    امروزه بحث بیوانفورماتیک توجه بسیاری از محققان رشته های مختلف را که به نوعی به زیست شناسی، ژنتیک، شیمی، پزشکی، داروسازی و علوم کامپیوتر مخصوصا رشته هوش مصنوعی مربوط هستند، به خود جلب کرده است. هدف از این فرادرس آشنایی شما با مجموعه ای از ابزارهایی است که زبان شی گرای Python مشخصا برای محاسبات زیستی در دسترس قرارداده است و کار را برای بسیاری از علاقه مندان و محققان بیوانفورماتیک راحت تر کرده است. این زبان قابل توسعه با ماژول های C و ++C است.

    بنابراین زبان بسیار قدرتمندی است و دارای دستور زبان راحتی است. آموزش Biopython به دو صورت مقدماتی و پیشرفته ارائه خواهد شد. در بخش مقدماتی با فرمت های مختلف فایل های بیوانفورماتیک و تبدیل آن ها به ساختار داده های قابل قبول پایتون و انجام انواع پردازش ها روی این فایل ها اعم از: Transcription و Translation آشنا خواهید شد.

    لازم به ذکر است که آینده سلامت انسان و محیط زیست اطرافش بدون علم میان رشته ای بیوانفورماتیک میسر نخواهد بود. با توجه به امکانات امروز که بشر توانایی به دست آوردن اطلاعات بی شماری را در حوزه های مختلف علوم زیستی به دست آورده است، احتیاج به ابزاری برای تحلیل این اطلاعات عظیم دارد تا بتواند توسط الگوریتم های مناسب بر مشکلات حل نشده ای که پیش رویش قرار دارند فائق آید.

     

    فهرست سرفصل ها و رئوس مطالب مطرح شده در این مجموعه آموزشی، در ادامه آمده است:
    • درس یکم: مقدمه
      • Biopython چیست و چه امکاناتی را به برنامه نویس ارائه می دهد
      • نصب Biopython
      • مروری کلی بر Python
    • درس دوم: شروع سریع – چه کاری می توانید با Biopython انجام دهید
      • کار با توالی ها
      • یک مثال کاربردی
      • تجزیه توالی ها با فرمت های مختلف
    • درس سوم: تعریف توالی به عنوان یک شی
      • الفباهای معرف توالی ها
      • تولی ها شبیه رشته ها عمل می کنند
      • برش یک توالی
      • تبدیل شی توالی به رشته
      • اتصال یا اضافه کردن توالی ها به هم
      • تغییر حالت الفبای توالی ها
      • توالی های نوکلئوتید و مکمل و معکوس مکمل آن ها
      • Transcription (عملیات نسخه برداری از DNA و به دست آوردن mRNA)
      • Translation (عملیات ترجمه mRNA به توالی پروتئین متناظر)
      • معرفی جدول های ترجمه
      • مقایسه توالی ها
      • تبدیل توالی ها به توالی های قابل جهش
      • توالی های ناشناخته
      • کار با توالی به صورت یک رشته و نه به صورت یک شی
    • درس چهارم: توالی های دارای توضیح و تفسیر (Annotation)
      • آشنایی با کلاس SeqRecord
      • ساخت شی SeqRecord از ابتدا
      • ساخت شی SeqRecord از فایل های FASTA
      • ساخت شی SeqRecord از فایل های GenBank
      • ویژگی، موقعیت و مکان اشیای SeqRecord
      • مقایسه توالی های از نوع SeqRecord
      • منابع توالی
      • متد format
      • برش یک SeqRecord
      • اضافه کردن SeqRecord ها به هم
      • استفاده از متد reverse – complement برای اشیا SeqRecord
    • درس پنجم: ورود و خروج توالی ها
      • خواندن یا تجزیه توالی ها
      • بررسی رکوردهای یک توالی به صورت مکرر
      • تهیه لیستی از رکوردهای یک توالی
      • استخراج داده
      • تجزیه توالی ها از فایل های فشرده
      • تجزیه توالی های دانلود شده از اینترنت
      • تجزیه رکوردهای GenBank از اینترنت
      • تجزیه رکوردهای SwissProt از اینترنت
      • دسترسی به فایل های توالی
        • به صورت دیکشنری در حافظه
        • به صورت دیکشنری – Indexed files
        • به صورت دیکشنری – Indexed files در پایگاه داده
      • شاخص گذاری فایل های فشرده
      • بررسی روش های مختلف دسترسی به فایل های توالی
      • نوشتن فایل های توالی
      • Round trips
      • تبدیل فایل های توالی به فرمت های مختلف
      • تبدیل یک فایل توالی به معکوس مکمل آن فایل
      • تبدیل شی SeqRecord به رشته در فایلی با فرمت خاص
      • تجزیه کننده سطح پایین FASTA و FASTQ
    • درس ششم: ترازبندی چندین توالی در کنار هم (Sequence Alignments)
      • تجزیه یا خواندن ترازبندی توالی ها (Sequence Alignments)
      • Single alignments
      • Multiple alignments
      • Ambiguous alignments
      • نوشتن ترازبندی ها
      • تبدیل فرمت های فایل های حاوی ترازبندی توالی ها به هم
      • برش ترازبندی ها
      • ترازبندی به صورت آرایه
      • ابزار ClustalW
      • ابزار Muscle
      • ابزار Muscle با Stdout
      • ابزار Muscle با Stdin و Stdout
      • ابزارهای EMBOSS ,Needle و Water
      • ابزار Biopython’s Pairwise
      • ترازبندی توالی ها به صورت Pairwise
        • استفاده پایه ای
        • شی Pairwise Aligner
        • Match and Mismatch Scores
        • Affine Gap Scores
        • General Gap Scores
        • Iterating Over Alignments
        • اشیا Alignments
        • مثال
    • درس هفتم: BLAST
      • اجرای BLAST در اینترنت
      • اجرای محلی BLAST
        • NCBI BLAST+
        • نسخه های دیگری از BLAST
      • تجزیه خروجی BLAST
      • کلاس BLAST Record
      • PSI_BLAST و RPS_BLAST
    • درس هشتم: BLAST و ابزارهای دیگر جستجوی توالی
      • مدل SearchIO
        • QueryResult
        • Hit
        • HSP
        • HSPFragment
      • استانداردها و قراردادها
      • خواندن فایل های خروجی جستجو
      • برخورد با فایل های خروجی جستجوی بزرگ به همراه شاخص گذاری
      • نوشتن و تبدیل فایل های خروجی جستجو
    • درس نهم: دستیابی به پایگاه داده های NCBI Entrez
      • دستورالعمل Entrez
      • به دست آوردن اطلاعات درباره پایگاه داده های Entrez
      • ESearch، جستجوی پایگاه داده های Entrez
      • بارگذاری لیستی از شناسه ها
      • بازیابی خلاصه ها شناسه های اصلی
      • EFetch، دانلود کامل رکورد از Entrez
      • ELink، جستجوی Item های مرتبط در NCBI Etrez
      • EGQuery ،Query سراسری – شمارش Item های جستجو
      • ESpell به دست آوردن پیشنهادهای املا
      • تجزیه فایل های XML عظیم Entrez
      • کاراکترهای Escape HTML
      • مدیریت خطاها
      • تجزیه کننده های مخصوص
        • تجزیه کننده رکوردهای Medline
        • تجزیه کننده رکوردهای GEO
        • تجزیه کننده رکوردهای UniGene
      • استفاده از یک Proxy
      • مثال ها
        • PubMed و Medline
        • جستجو، دانلود و تجزیه رکوردهای نوکلئوتید Entrez
        • جستجو، دانلود و تجزیه رکوردهای GenBank
        • پیدا کردن تبار یک موجود زنده
      • استفاده از History و WebEnv
      • جستجو و دانلود با History
        • توالی ها
        • چکیده ها
      • جستجوی Citations
    • درس دهم: SwissProt and ExPASy
      • تجزیه فایل های SwissProt
        • تجزیه رکوردهای SwissProt
        • تجزیه کلمات کلیدی SwissProt و لیست Category
      • تجزیه رکوردهای Prosite
      • تجزیه رکوردهای مستند Prosite
      • تجزیه رکوردهای Enzyme
      • دستیابی به سرور ExPASy
        • بازیابی یک رکورد SwissProt
        • جستجوی SwissProt
        • بازیابی Prosite و رکوردهای مستند Prosite
      • اسکن پایگاه داده

     

    مفید برای رشته های
    • زیست شناسی


    اطلاعات تکمیلی

    نام آموزش آموزش مقدماتی Biopython (بیوانفورماتیک با پایتون) – پیش ثبت نام
    ناشر فرادرس
    کد آموزش FVBIO9802
    زبان فارسی
    نوع آموزش آموزش ویدئویی     (کیفیت HD - مورد تایید فنی فرادرس)
    تعداد DVD یک عدد (در صورت دریافت غیر آنلاین)




    دیدگاه ها

    نظر شما در مورد این فرادرس چیست؟

    پاسخ دهید

    نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *

    امتیاز شما به این آموزش:




درخواست اطلاع رسانی انتشار این آموزش

این آموزش در حال برنامه ریزی برای ارائه در فرادرس است و انتشار سریع تر آن، بستگی به تعداد متقاضیان این آموزش دارد. چنانچه شما نیز تمایل به انتشار سریع این آموزش دارید در کادر زیر ایمیل خود را درج نمایید.

مزایای درخواست اطلاع رسانی انتشار:

  • مطلع شدن از انتشار آموزش در اولین زمان پس از انتشار
  • دادن بیشترین اولویت انتشار به آموزش های مورد نظر خود (آموزش های با بیشترین پیش ثبت نام، با اولویت بیشتری منتشر می شوند)
  • دریافت تخفیف ویژه به هنگام انتشار، مختص افرادی که درخواست اطلاع رسانی در یک آموزش داشته اند.



برچسب‌ها: , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , ,




فرادرس در رسانه ها و جشنواره ها

روزنامه ایرانیان مرکز توسعه فناوری اطلاعات و رسانه های دیجیتال روز آفرین نت استارت کنفرانس مهندسی برق ایران جشنواره وب ایران