آموزش تحلیل داده های متاژنوم – پیش ثبت نام

دسترسی به اطلاعات این آموزش: اطلاعات کلی محتوا و سرفصل ها پیش نمایش و دانلود اطلاعات تکمیلی دیدگاه ها
آموزش تحلیل داده های متاژنوم

درباره ناشر

فرادرس
فرادرس

فرادرس بزرگ‌ترین ناشر دیجیتال آموزش‌های تخصصی، دانشگاهی و مهندسی است.

درباره مدرس

گروه مدرسین فرادرس
گروه مدرسین فرادرس

فرادرس از جهت فرصت آموختن، یک محیط کاملا باز (بدون هیچ مرز و شرط برای ورود) برای همه است. اما از جهت فرصت آموزش دادن، یک محیط به شدت بسته است و مدرسین آن با عبور از سخت ترین ضوابط علمی و فیلترهای مهارت آموزشی برگزیده و دستچین می شوند. در چندین سال گذشته کمتر از 5 درصد متقاضیان تدریس در فرادرس توانسته اند به مرحله نهایی ارائه آموزش در آن برسند. ارائه یک آموزش توسط «گروه مدرسین فرادرس» تضمینی برای کیفیت آن می باشد. (+)



امروزه بیوانفورماتیک به عنوان یک حوزه بین رشته ای در بین دانشمندان حوزه زیست شناسی و سلامت، اهمیتی انکار ناپذیر دارد. در کشور ما نیز از سال ها قبل این رشته تاسیس و مورد توجه قرار گرفته است ولی گسترش و کاربرد آن در حد مطلوبی نیست. ما در این آموزش می خواهیم با آموزش عملی، دانشجویان را برای ورود به این حوزه مهم و کاربردی ترغیب نماییم. در این آموزش می خواهیم نحوه کار با داده های متاژنوم را به صورت عملی و کاربردی به مخاطب آموزش دهیم. اکثر افرادی که از این محتوا استفاده خواهند کرد، عموما غیرکامپیوتری هستند و آموزش قدم به قدم و ساده بسیار باب میل آن ها خواهد بود.

 

👤 مدرس: گروه مدرسین فرادرس
روش دریافت: لینک دانلود و/یا ارسال فیزیکی

وضعیت انتشار در حال ویرایش (برای ۹۰ درصد آموزش‌های این مرحله)
زمان تقریبی انتشار ۲ تا ۷ هفته

درخواست اطلاع رسانی انتشار این آموزش

این آموزش در حال ویرایش و تدوین است و به زودی در فرادرس ارائه عمومی آن آغاز خواهد شد. شما می توانید با وارد کردن ایمیل خود، در اولین زمان، از انتشار نهایی این آموزش مطلع شوید.

مزایای درخواست اطلاع رسانی انتشار:

  • مطلع شدن از انتشار آموزش در اولین زمان پس از انتشار
  • دادن بیشترین اولویت انتشار به آموزش های مورد نظر خود (آموزش های با بیشترین پیش ثبت نام، با اولویت بیشتری منتشر می شوند)
  • دریافت تخفیف ویژه به هنگام انتشار، مختص افرادی که درخواست اطلاع رسانی در یک آموزش داشته اند.




    توضیحات

    در این آموزش می خواهیم نحوه کار با داده های متاژنوم را به صورت عملی و کاربردی به مخاطب آموزش دهیم. اکثر افرادی که از این محتوا استفاده خواهند کرد، عموما غیرکامپیوتری هستند و آموزش قدم به قدم و ساده بسیار باب میل آن ها خواهد بود.

    اکثر نرم افزارهای موجود در این حوزه به صورت Open Source و تحت لینوکس است. از طرف دیگر آموزش این نرم افزارها و کار با آن ها برای دانشجویان کار سختی است. به این دلیل بعضی از دانشجویان در رشته های مختلف از ورود به این حوزه می ترسند. این آموزش به صورت ساده، روان و تصویری مراحل انجام کارهای مختلف و همچنین نرم افزارهای موجود را توضیح می دهد. همچنین برای این کارها حداقل ده نرم افزار مستقل وجود دارد که پیدا کردن و یادگیری آن ها ممکن است در توان همه نباشد.

    امروزه بیوانفورماتیک به عنوان یک حوزه بین رشته ای در بین دانشمندان حوزه زیست شناسی و سلامت، اهمیتی انکارناپذیر دارد. در کشور ما نیز از سال ها قبل این رشته تاسیس و مورد توجه قرار گرفته است ولی گسترش و کاربرد آن در حد مطلوبی نیست. ما در این آموزش می خواهیم با آموزش عملی، دانشجویان را برای ورود به این حوزه مهم و کاربردی ترغیب نماییم.

     

    فهرست سرفصل ها و رئوس مطالب مطرح شده در این مجموعه آموزشی، در ادامه آمده است:
    • درس یکم: پیش پردازش داده های توالی یابی شده
      • بررسی و تبدیل داده ها به فرمت استاندارد
      • کنترل کیفی داده ها با استفاده از نرم افزار FastQC
      • استخراج اطلاعات آماری داده ها
      • ارائه مثال با استفاده از نرم افزار محلی و سرور Galaxy
    • درس دوم: به دست آوردن فراوانی باکتریایی داده ها
      • استفاده از نرم افزار MetaPhlAn برای مشخص کردن فراوانی باکتریایی موجود در هر نمونه
      • آموزش نصب نرم افزار MetaPhlAn و اجرای آن بر روی کامپیوتر شخصی و سرور Galaxy
    • درس سوم: استخراج اطلاعات براساس اسمبلی توالی ها
      • معرفی نرم افزارهای اسمبلی توالی های متاژنوم
      • اسمبلی داده های متاژنوم با استفاده از نرم افزار MetaVelvet و تولید کانتیگ های بزرگ تر
      • استفاده از نرم افزار مبتنی بر وب MetaGeneMark برای پیشگویی ژن های موجود در توالی ها
      • به دست آوردن توالی های نوکلئوتیدی و پروتئینی برای ژن های پیش گویی شده
    • درس چهارم: استخراج اطلاعات براساس نگاشت توالی
      • معرفی کاتالوگ های ژنی مناسب
      • پیش پردازش اولیه بر روی کاتالوگ ژنی
      • نگاشت توالی های نوکلئوتیدی با استفاده از نرم افزار Mosaik به کاتالوگ نوکلئوتیدی
      • استخراج اطلاعات براساس نرم افزارهای SAMtools
      • نگاشت توالی های نوکلئوتیدی با استفاده از نرم افزار BLAST – NCBI به کاتالوگ های پروتئینی
      • اجرای نگاشت ها به صورت محلی و بر روی سرورهای Galaxy
    • درس پنجم: استخراج اطلاعات تفسیر شده از پایگاه داده KEGG
      • استخراج گروه های ارتولوگ براساس توالی ژنی (KO)
      • استخراج گروه های آنزیمی براساس KO ها
      • استخراج واکنش های مرتبط با آنزیم ها

     

    مفید برای رشته های
    • بیوتکنولوژی
    • زیست شناسی


    اطلاعات تکمیلی

    نام آموزش آموزش تحلیل داده های متاژنوم – پیش ثبت نام
    ناشر فرادرس
    کد آموزش FVBIO9801
    زبان فارسی
    نوع آموزش آموزش ویدئویی     (کیفیت HD - مورد تایید فنی فرادرس)
    تعداد DVD یک عدد (در صورت دریافت غیر آنلاین)




    دیدگاه ها

    نظر شما در مورد این فرادرس چیست؟

    پاسخ دهید

    نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *

    امتیاز شما به این آموزش:




درخواست اطلاع رسانی انتشار این آموزش

این آموزش در حال ویرایش و تدوین است و به زودی در فرادرس ارائه عمومی آن آغاز خواهد شد. شما می توانید با وارد کردن ایمیل خود، در اولین زمان، از انتشار نهایی این آموزش مطلع شوید.

مزایای درخواست اطلاع رسانی انتشار:

  • مطلع شدن از انتشار آموزش در اولین زمان پس از انتشار
  • دادن بیشترین اولویت انتشار به آموزش های مورد نظر خود (آموزش های با بیشترین پیش ثبت نام، با اولویت بیشتری منتشر می شوند)
  • دریافت تخفیف ویژه به هنگام انتشار، مختص افرادی که درخواست اطلاع رسانی در یک آموزش داشته اند.



برچسب‌ها: , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , ,




فرادرس در رسانه ها و جشنواره ها

روزنامه ایرانیان مرکز توسعه فناوری اطلاعات و رسانه های دیجیتال روز آفرین نت استارت کنفرانس مهندسی برق ایران جشنواره وب ایران