×
۴۵,۰۰۰ تومان تا ۱۵۰ هزار تومان تخفیف

آموزش آنالیز داده های متاژنوم با نرم افزارهای بیوانفورماتیک

آموزش آنالیز داده های متاژنوم با نرم افزارهای بیوانفورماتیک

تعداد دانشجو
۴۵۹ نفر
مدت زمان
۳ ساعت و ۲۳ دقیقه
هزینه عادی آموزش
۴۵,۰۰۰ تومان
در طرح تخفیف
تا ۱۵۰ هزار تومان تخفیف (کسب اطلاعات بیشتر +)
محتوای این آموزش
تضمین کیفیت
آموزش آنالیز داده های متاژنوم با نرم افزارهای بیوانفورماتیک

امروزه بیوانفورماتیک به عنوان یک حوزه بین رشته ای در بین دانشمندان حوزه زیست شناسی و سلامت، اهمیتی انکار ناپذیر دارد. در کشور ما نیز از سال ها قبل این رشته تاسیس و مورد توجه قرار گرفته است ولی گسترش و کاربرد آن در حد مطلوبی نیست. در این آموزش می خواهیم با آموزش عملی، دانشجویان را برای ورود به این حوزه مهم و کاربردی ترغیب نماییم. در این آموزش می خواهیم نحوه کار با داده های متاژنوم را به صورت عملی و کاربردی به مخاطب آموزش دهیم. اکثر افرادی که از این محتوا استفاده خواهند کرد، عموما غیرکامپیوتری هستند و آموزش قدم به قدم و ساده بسیار باب میل آن ها خواهد بود.

آموزش آنالیز داده های متاژنوم با نرم افزارهای بیوانفورماتیک

مدت زمان
۳ ساعت و ۲۳ دقیقه
هزینه عادی آموزش
۴۵,۰۰۰ تومان
در طرح تخفیف
تا ۱۵۰ هزار تومان تخفیف

(کسب اطلاعات بیشتر +)
محتوای این آموزش
مدرس
دکتر محمدحسین نوروزی بیرامی

دکتری تخصصی بیوانفورماتیک

دکتر محمدحسین نوروزی بیرامی دارای دکتری بیوانفورماتیک از دانشگاه تهران می باشند و رساله دکتری ایشان در حوزه متاژنوم و ارتباط آن با بیماری‌ های مختلف از جمله سرطان است. همچنین بیش از 12 سال سابقه هیئت علمی در دانشگاه آزاد را دارند و استادیار پایه 10 نیز می باشند.

چکیده آموزش


توضیحات تکمیلی

امروزه بیوانفورماتیک به عنوان یک حوزه بین رشته ای در بین دانشمندان حوزه زیست شناسی و سلامت، اهمیتی انکارناپذیر دارد. در کشور ما نیز از سال ها قبل، این رشته تاسیس شده و مورد توجه قرار گرفته است ولی گسترش و کاربرد آن در حد مطلوبی نیست. در این آموزش می خواهیم با آموزش عملی، دانشجویان را برای ورود به این حوزه مهم و کاربردی ترغیب نماییم.

اکثر نرم افزارهای موجود در این حوزه به صورت Open Source و تحت لینوکس است. از طرف دیگر، آموزش این نرم افزارها و کار با آن ها برای دانشجویان کار سختی است. به این دلیل بعضی از دانشجویان در رشته های مختلف از ورود به این حوزه می ترسند. این آموزش به صورت ساده، روان و تصویری مراحل انجام کارهای مختلف و همچنین نرم افزارهای موجود را توضیح می دهد. همچنین برای این کارها حداقل ده نرم افزار مستقل وجود دارد که پیدا کردن و یادگیری آن ها ممکن است در توان همه نباشد.

در این آموزش می خواهیم نحوه کار با داده های متاژنوم را به صورت عملی و کاربردی به مخاطب آموزش دهیم. اکثر افرادی که از این محتوا استفاده خواهند کرد، عموما غیرکامپیوتری هستند و آموزش قدم به قدم و ساده بسیار باب میل آن ها خواهد بود.

فهرست سرفصل ها و رئوس مطالب مطرح شده در این مجموعه آموزشی، در ادامه آمده است:
  • درس یکم: پیش پردازش و کنترل کیفی داده های متاژنوم
    • بررسی و تبدیل داده ها به فرمت استاندارد
    • کنترل کیفی داده ها با استفاده از نرم افزار FastQC
    • استخراج اطلاعات آماری داده ها
    • ارائه مثال با استفاده از نرم افزار محلی و سرور Galaxy
  • درس دوم: استخراج میکروارگانیسم های موجود در توالی های متاژنوم
    • استفاده از نرم افزار MetaPlAn برای مشخص کردن فراوانی باکتریایی موجود در هر نمونه
    • نصب نرم افزار MetaPlAn و اجرای آن بر روی کامپیوتر شخصی و سرور Galaxy
  • درس سوم: استخراج اطلاعات براساس نگاشت توالی
    • معرفی کاتالوگ های ژنی مناسب
    • پیش پردازش اولیه بر روی کاتالوگ ژنی
    • نگاشت توالی های نوکلئوتیدی با استفاده از نرم افزار Mosaik به کاتالوگ نوکلئوتیدی
    • استخراج اطلاعات براساس نرم افزارهای SAMtools
    • نگاشت توالی های نوکلئوتیدی با استفاده از نرم افزار BLAST - NCBI به کاتالوگ های پروتئینی
    • اجرای نگاشت ها به صورت محلی و بر روی سرورهای Galaxy
  • درس چهارم: استخراج اطلاعات براساس اسمبلی توالی‌ ها
    • معرفی نرم افزارهای اسمبلی توالی های متاژنوم
    • اسمبلی داده های متاژنوم با استفاده از نرم افزار MetaVelvet و تولید کانتیگ های بزرگ تر
    • استفاده از نرم افزار مبتنی بر وب MetaGeneMark برای پیش گویی ژن های موجود در توالی ها
    • به دست آوردن توالی های نوکلئوتیدی و پروتئینی برای ژن های پیش گویی شده
    • حذف ژن های تکراری با نرم افزار CD-HIT
  • درس پنجم: استخراج اطلاعات تفسیرشده از پایگاه داده KEGG
    • استخراج گروه های ارتولوگ براساس توالی ژنی (KO)
    • استخراج گروه های آنزیمی براساس KO ها
    • استخراج واکنش های مرتبط با آنزیم ها

مفید برای رشته های
  • بیوتکنولوژی
  • زیست شناسی

پیش نیاز


آنچه در این آموزش خواهید دید:

برنامه آموزشی مورد تائید فرادرس
فایل برنامه ها و پروژه های اجرا شده
فایل PDF یادداشت‌ های ارائه مدرس




پیش نمایش‌ها

۱. پیش ‌پردازش و کنترل‌ کیفی داده ‌های متاژنوم

توجه: اگر به خاطر سرعت اینترنت، کیفیت نمایش پایین‌تر از کیفیت HD ویدئو اصلی باشد؛ می‌توانید ویدئو را دانلود و مشاهده کنید دانلود پیش‌نمایش - حجم: ۷ مگابایت -- (کلیک کنید +))

۲. استخراج میکروارگانیسم‌ های موجود در توالی‌ های متاژنوم

توجه: اگر به خاطر سرعت اینترنت، کیفیت نمایش پایین‌تر از کیفیت HD ویدئو اصلی باشد؛ می‌توانید ویدئو را دانلود و مشاهده کنید دانلود پیش‌نمایش - حجم: ۷ مگابایت -- (کلیک کنید +))

۳. کاتالوگ ژنی
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
۴. متاژنوم
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
۵. استخراج اطلاعات تفسیرشده از پایگاه ‌داده KEGG
مشاهده این پیش‌نمایش، نیازمند عضویت و ورود به سایت (+) است.
این آموزش شامل ۱۰ جلسه ویدئویی با مجموع ۳ ساعت و ۲۳ دقیقه است.
با تهیه این آموزش، می‌توانید به همه بخش‌ها و جلسات آن، دسترسی داشته باشید.

راهنمای سفارش آموزش‌ها

آیا می دانید که تهیه یک آموزش از فرادرس و شروع یادگیری چقدر ساده است؟

(راهنمایی بیشتر +)

در مورد این آموزش یا نحوه تهیه آن سوالی دارید؟
  • با شماره تلفن واحد مخاطبین ۵۷۹۱۶۰۰۰ (پیش شماره ۰۲۱) تماس بگیرید. - تمام ساعات اداری
  • با ما مکاتبه ایمیلی داشته باشید (این لینک). - میانگین زمان پاسخ دهی: ۳۰ دقیقه


اطلاعات تکمیلی

نام آموزش آموزش آنالیز داده های متاژنوم با نرم افزارهای بیوانفورماتیک
ناشر فرادرس
شناسه اثر ۸–۱۲۴۵۲–۰۷۱۹۴۸ (ثبت شده در مرکز رسانه‌های دیجیتال وزارت ارشاد)
کد آموزش FVBIO9801
مدت زمان ۳ ساعت و ۲۳ دقیقه
زبان فارسی
نوع آموزش آموزش ویدئویی (نمایش آنلاین + دانلود)
حجم دانلود ۶۴۸ مگابایت (کیفیت ویدئو HD با فشرده سازی انحصاری فرادرس)


تضمین کیفیت و گارانتی بازگشت هزینه
توجه: کیفیت این آموزش توسط فرادرس تضمین شده است. در صورت عدم رضایت از آموزش، به انتخاب شما:
  • ۱۰۰ درصد مبلغ پرداختی در حساب کاربری شما شارژ می‌شود.
  • و یا ۷۰ درصد مبلغ پرداختی به حساب بانکی شما بازگشت داده می‌شود.


آموزش‌های پیشنهادی برای شما



نظرات

تا کنون ۴۵۹ نفر از این آموزش استفاده کرده اند و هنوز هیچ نظری ثبت نشده است.
دسته‌بندی موضوعی: زیست شناسی | علوم تجربی
برچسب‌ها:
BLAST - NCBI | Blast- Gene prediction- Assembly | CD-HIT | FastQC | Gene catalog- Quality control- Mapping | KEGG database- FastQC Quality Control | MetaGeneMark | Metagenomic data analysis | MetaPhlAn | MetaVelvet | Microbiome- Metagenome | Mosaik | Open Source | SAMtools | Velvet | اسمبلی | اسمبلی توالی ها | اطلاعات آماری داده ها | بلست | بیوانفورماتیک | پایگاه داده KEGG | پیش بینی ژن | تحلیل داده های متاژنوم | توالی های متاژنوم | توالی های نوکلئوتیدی | توالی های نوکلئوتیدی و پروتئینی | داده های توالی یابی شده | داده های متاژنوم | زیست شناسی و سلامت | ژن های موجود در توالی ها | سرور Galaxy | فراوانی باکتریایی داده ها | کاتالوگ ژنی | کاتالوگ های ژنی مناسب | کانتیگ | کنترل کیفی | کنترل کیفی داده ها | گروه های آنزیمی | گروه های ارتولوگ | لینوکس | متاژنوم | میکروبیوم | نرم افزار BLAST - NCBI | نرم افزار FastQC | نرم افزار MetaPhlAn | نرم افزار MetaVelvet | نرم افزار Mosaik | نرم افزار مبتنی بر وب | نرم افزار محلی | نرم افزارهای SAMtools | نگاشت | نگاشت توالی | واکنش های مرتبط با آنزیم ها
مشاهده بیشتر مشاهده کمتر

×
فهرست جلسات ۱۰ جلسه ویدئویی